La Universitat de Girona és una de les més sanejades del sistema d'universitats públiques catalanes. Ho confirma la Sindicatura de Comptes en el seu informe agregat de les universitats públiques de Catalunya 2008-2009, que situa la UdG com una de les tres universitats catalanes sense dèficit i amb menys deute.

A 31 de desembre del 2009, quatre universitats presentaven romanents genèrics negatius (dèficit que hauran de finançar) d'un import total de 205,06 milions d'euros. Les altres tres universitats presentaven romanents genèrics positius, i destacava especialment el de la UdG (9,75 milions d'euros).

Pel que fa l'endeutament, les 8 universitats públiques, sumaven un deute pendent d'amortitzar de 228 milions d'euros, essent el de la UdG (11,1 milions d'euros) el tercer més baix del sistema universitari. Segons la Sindicatura, la major part del deute correspon a avançaments reintegrables del Ministeri d'Educació i Ciència per al finançament de parcs científics i tecnològics.

Tant les xifres dèficit com les d'endeutament donen la raó a la rectora de la Universitat de Girona, Anna Maria Geli, qui ha esgrimit aquesta bona salut dels comptes a l'hora de reclamar que les retallades no afectessin la UdG de la mateixa forma que altres amb pitjor situació financera.

No obstant, la petició no va ser escoltada per la Generalitat, i la UdG acabarà retallant 9,5 milions d'euros d'un pressupost aprovat anteriorment per valor de poc més de 90 milions.

Davant les xifres de dèficit i deute del conjunt del sistema, l'informe aconsella a la Generalitat analitzar el dèficit de les universitats i establir plans d'actuació i sanejament quan aquests calguin.

També recorda també que les matrícules universitàries només cobreixen el 13,85% del cost de cada alumne matriculat a temps complet (10.182 euros). Per aquest motiu, la Sindicatura recomana estudiar el cost econòmic que té per al sistema universitari públic l'alt percentatge d'alumnes que abandonen els seus estudis. En aquest aspecte, la UdG és, després de la Universitat Politècnica, la que presenta unes taxes més elevades d'alumnes que deixen la carrera a la qual s'havien matriculat.